南京银行于1996年2月8日在南京成立，是一家由国有股份、中资法人股份、外资股份及众多个人股份共同组成的股份制商业银行，实行一级法人体制。 南京银行个人金融服务，立足“市民银行”定位，提升城市金融生活品质。凭借资金业务优势，打造“零亏损”“金梅花”理财。依托“理财易金卡”，帮助高端客户实现财富“日日聚金”。借助股东巴黎银行经验和模式，开发了“信易贷”、“房易贷”、“购易贷”和“诚易贷”等消费信贷产品以及经营性个人贷款产品“商易贷”。

2001年，南京银行吸收国际金融公司IFC投资入股。

2005年，与法国巴黎银行签署战略联盟合作协议。

2006年成为日照市商业银行第一大股东。后发起设立了宜兴阳羡、昆山鹿城两家村镇银行，入股江苏金融租赁有限公司、芜湖津盛农村合作银行，在探索综合化经营的道路上又迈进了一步。2006年，南京银行参股日照银行18%的股份，成为其第一大股东。

2007年7月，南京银行成功在上海证券交易所上市，股票代码(601009)，成为全国第一家登陆上交所的城市商行。

2007年在英国《银行家》杂志2008年度评选中，南京银行在全球1000家大银行排行榜中排名第384位(列中国大陆银行第18位)。南京银行自2007年设立第一家异地分行以来，跨区域经营不断推进，先后设立了泰州、上海、无锡、北京、南通、杭州、扬州、苏州、常州、南京等10家分行，机构战略布局持续深化。2007年7月，南京银行成功在上海证券交易所上市，成为全国第一家登陆上交所的城商行。

2009年，南京银行在英国《银行家》杂志发布的年度全球1000家大银行排名名单中位居第366位。2009年，南京银行在总资产400亿美元以下的“亚洲银行竞争力排名”中荣获中国第一、亚洲第二。2009年，南京银行参股江苏金融租赁有限公司，延伸金融服务领域;发起组建宜兴阳羡村镇银行、昆山鹿城村镇银行，涉足农村金融。2009年，南京银行在英国《银行家》杂志发布的年度全球1000家大银行排名名单中位居第366位。

2009年11月21日，第四届21世纪亚洲金融年会暨2009年亚洲银行竞争力排名颁奖典礼在北京举行。南京银行在总资产400亿美元以下的“亚洲银行竞争力排名”中荣获中国第一、亚洲第二。2010年，南京银行在英国《银行家》杂志发布的年度“全球1000家大银行排行榜”中，位居第349位，年度“全球银行品牌500强排行榜”中，南京银行品牌价值为1.49亿美元，全球排名第433位。2010年，中国《金融时报》和中国社科院金融研究所将南京银行评为“年度最佳中小银行”。

2011年2月出版的英国《银行家》杂志发布了全球银行品牌500强排名情况(The Top 500 Banking Brands)，南京银行继2010年首次登榜后再次跻身全球银行品牌价值榜五百强，品牌价值达2.19亿美元，比上年增长0.7亿美元，品牌评级由上年度的A+上调为AA-，排名由上年度的433位上升至412位，在国内商业银行中排名第15位。2011年英国《银行家》杂志(The Banker)全球前1000家银行排名中南京银行以一级资本27.75亿美元位列全球银行273位，排名比2009年349位提升76个名次。2016年4月27日晚间披露年报显示，公司2015年度实现营业收入228.30亿元，同比增长42.77%;归属于上市公司股东的净利润70.01亿元，同比增长24.82%;基本每股收益2.21元;并拟向全体股东每10股转增8股及派现4元(含税)。